林一二2026年04月23日 22:10
之前都是用 Github copilot 来操作，但自从微软被薅羊毛薅秃了之后，最好还是用我的智能体框架，配合到处采购的自由词元（使用更多编程词元）来使用，不要被某个工具绑定了。
| 模型/工具 | 功能 |
|---|---|
| RFdiffusion | 骨架生成（binder、 motif scaffolding、对称寡聚体） |
| AlphaFold2/3 | 结构预测 |
| ProteinMPNN | 序列设计（逆折叠） |
| ESMFold | 快速结构预测 |
| ESM-2/ESM-1v | 突变效应零样本预测 |
| DiffDock | 小分子和蛋白对接 |
| AutoDock Vina | 蛋白对接 |
| Haddock | 蛋白对接 |
| LigandMPNN | 配体感知序列设计 |
| BindCraft | De novo binder 设计 (RFdiffusion+MPNN+AF2 封装) |
| OpenMM | 分子动力学/能量最小化 |