Meme of LinOnetwo

1. 运行例子时发现，执行 ./scripts/run_inference.py 的时候，会打开 VSCode，而且内存占用会越来越大
   1. 问了他们的贡献者，发现原来这样是把一个 Python 文件名呈现给 shell，然后 shell 决定用 VSCode 打开这个文件名。
   2. 内存占用越来越大，可能是因为原来给这个 Python 的参数，都给了 VSCode，然后可能触发了什么奇怪的设定
   3. 解法是在前面加上 python， python ./scripts/run_inference.py 这样即可
   4. python ./scripts/run_inference.py 'contigmap.contigs=[150-150]' inference.output_prefix=test_outputs/test inference.num_designs=10
2. 运行时，GPU 显存占用了 6GB，计算量占用 80% 左右，最后就打印出一个 Finished design in 0.85 minutes ，不知道输入输出是什么
   1. 生成的 PDB 文件会放在命令指定的文件夹里
      1. 蛋白质三级结构文件 PDB 可以用 VSCode 的 Protein Viewer 插件来可视化；它是纯文本格式，也可以直接用 VSCode 查看文本
      2. 可以使用在线网页版工具 https://molstar.org/viewer/
   2. 目前的输入就是「只想要一个长度为 150aa 的蛋白质」。更多约束需要在配置文件里定义。
      1. 可以通过 inference.input_pdb=path 指定现有的 PDB 文件路径

先改用 AlphaFold3 了，好像是同类的但是效果更好。

根据 https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion/discussions/243 ，应该看看

• https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom
• https://github.com/baker-laboratory/rf_diffusion_all_atom